肥东公司进行合肥商标注册时，需要遵循一系列明确的办理步骤，并注意一些关键事项，以确保注册过程的顺利进行和权益的有效保障。

首先，肥东公司需要明确自己的商标注册需求，包括要注册的商标图样、类别以及使用范围等。这些信息将作为商标注册申请的基础。

接下来，肥东公司需要准备商标注册申请所需的文件和资料。这包括商标图样、申请书、营业执照副本等。在准备过程中，应确保所有文件的真实性和准确性，以避免因信息不符而导致注册失败。

完成文件准备后，肥东公司需要向合肥市的商标注册机构提交申请。在提交申请时，需要缴纳相应的申请费用，并保留好缴费凭证。

提交申请后，肥东公司需要耐心等待商标注册机构的审查结果。审查过程可能包括形式审查和实质审查两个阶段。在审查期间，肥东公司可以密切关注审查进度，并根据需要补充或修改申请文件。

若商标通过审查并公告无异议，肥东公司将获得商标注册证书，标志着商标注册的成功。此时，肥东公司应妥善保管注册证书，并及时更新商标注册信息，以确保商标权益的有效维护。

在办理商标注册的过程中，肥东公司还需要注意一些事项。首先，要确保所申请的商标具有足够的显著性和独创性，以避免与已有商标冲突。其次，在申请过程中要遵守相关法律法规和程序要求，不得采取不正当手段进行商标注册。此外，肥东公司还可以考虑委托专业的商标代理机构或律师协助办理商标注册事宜，以提高注册成功率和效率。

综上所述，肥东公司进行合肥商标注册时，需要遵循明确的办理步骤并注意相关事项。通过认真准备和积极配合审查工作，肥东公司可以顺利完成商标注册并获得有效的商标权益保护。